Question

跟进this question，我想根据数据框中的变量p.value制作一个水平图热图并为每个单元着色。

我希望单元格的颜色只有3种颜色（连续变量的离散色调）：

白色表示p.values> 0.05
红色表示p.values＆lt; 0.05和＆gt; 0.01
深红色表示p.values＆lt; 0.01

到目前为止，这是我的MWE。

set.seed(150)
pv.df <- data.frame(compound=rep(LETTERS[1:8], each=3), comparison=rep(c("a/b","b/c","a/c"), 8), p.value=runif(24, 0, 0.2))
pv.df
myPanel <- function(x, y, z, ...) {
  panel.levelplot(x, y, z, ...)
  panel.text(x, y, round(z, 2))
}
#install.packages("latticeExtra")
library(latticeExtra)
library(RColorBrewer)
cols <- rev(colorRampPalette(brewer.pal(6, "Reds"))(10))

png(filename="test.png", height=1000, width=600)
print(
    levelplot(p.value ~ comparison*compound,
          pv.df,
          panel = myPanel,
          col.regions = cols,
          colorkey = list(col = cols, 
                          at = do.breaks(range(pv.df$p.value), 10)),
          xlab = "", ylab = "",              # remove axis titles
          scales = list(x = list(rot = 45),  # change rotation for x-axis text
                        cex = 0.8),          # change font size for x- & y-axis text
          main = list(label = "Total FAME abundance - TREATMENT",
                      cex = 1.5))            # change font size for plot title
)
dev.off()

产生：

我在水平图中显示实际的p.value值。上面的代码似乎有问题，因为＆＃34; 0.14＆＃34;颜色比＆＃34; 0.08＆＃34;更暗。就在旁边。

Answer 1

您没有指定要用于区域的断点（就像您对colorkey所做的那样），因此颜色中的混色。

如果您希望区域为<=0.01，>0.01 & <=0.05和>0.05，则需要使用levelplot参数在at调用中指定区域（和当然colorkey）也一样。

因此，在通话中，您需要告诉您要为不同区域（col.regions = c("darkred", "red", "white")）的颜色为“黑暗”，“红色”和“白色”，中断为0（实际下限），0.01,0.05和0.20（上限，这是p.value的最大data.frame的一种舍入。

您的levelplot电话就是：

levelplot(p.value ~ comparison*compound,
          pv.df,
          panel = myPanel,
          col.regions = c("darkred", "red", "white"),
          at=c(0, 0.01, 0.05, 0.20),
          colorkey = list(col = c("darkred", "red", "white"), 
                          at = c(0, 0.01, 0.05, 0.20)),
          xlab = "", ylab = "",              # remove axis titles
          scales = list(x = list(rot = 45),  # change rotation for x-axis text
                        cex = 0.8),          # change font size for x- & y-axis text
          main = list(label = "Total FAME abundance - TREATMENT",
                      cex = 1.5))

，并提供：

注意： 我根据您对中断的描述进行了调用，对于您在代码中使用的中断，您需要添加at = do.breaks(range(pv.df$p.value), 10))在通话中（例如，在定义col.regions后）

为连续变量（格子水平图）制作离散化值的调色板

1 个答案: