从散点图中删除不可见点（曼哈顿图）

Question

考虑曼哈顿的全基因组关联研究情节。 图底部的点密度非常高 - 个别点不再可见。我想跳过绘制与其他点完全重叠的点（即使它们的x，y不相同），以减少绘图时间和导出的PDF的大小。实现这一目标的任何方法？碰撞检测？子采样？

我想使用matplotlib，但这个要求是可选的。理想情况下，输出应在视觉上与＆＃34; full＆＃34;曲线图。

剧情类型的一些背景信息： https://en.wikipedia.org/wiki/Manhattan_plot