删除遮挡的散点图点

Question

使用矢量后端（pdf，eps），在文件大小和渲染时间方面浪费，让点被其他点完全遮挡。如何删除这些？

Answer 1

这是一个几乎不公平的问题，因为这将取决于标记大小与实际坐标difficult to calculate。

无论如何，也许半个解决方案可以帮到你。我想如果你计算所有点之间的距离，当一对低于给定的容差时，你只使用其中一个点（而不是两个）。这不是完美的，但可能有用。使用这个想法的快速测试（我希望我的距离逻辑正确）：

import matplotlib.pyplot as plt
import scipy

x = np.random.normal(0,1,15000)
y = np.random.normal(0,1,15000)
tol = 0.01

xy = np.hstack((x[:,np.newaxis],y[:,np.newaxis]))
d = scipy.spatial.distance.cdist(xy,xy)
b = np.ones(x.shape,dtype='bool')
for i in range(d.shape[0]-1):
    if d[i,i+1:].min() < tol and b[i]:
        b[i+1+d[i,i+1:].argmin()] = False

x2 = x[b]
y2 = y[b]

f, (ax1, ax2) = plt.subplots(1, 2)

ax1.scatter(x,y,s=90)
ax1.set_xlim(-6,6)
ax1.set_ylim(-6,6)
ax2.scatter(x2,y2,s=90)
ax2.set_xlim(-6,6)
ax2.set_ylim(-6,6)

print('Before: ', x.shape,'\nNow: ',x2.shape)
plt.show()

，给我这个结果：

Before:  (15000,) 
Now:  (13004,)

这表示在15000中节省了大约2000点。如果你仔细观察，你会发现这并不完美，但我确信tol论证中的一点校准可以显着改善情节。