生成连接散点图中顶点的线图(曼哈顿图)

时间:2013-04-07 13:00:26

标签: r scatter-plot line-plot

我正在尝试创建连接曼哈顿情节顶点的线图(仅显示曼哈顿情节的'天际线')。我想我可以手动选择要连接的点并使用'line'命令指定它们,但我想知道在R中是否有更简单的方法可以做到这一点?

这是一个示例数据集和图:

affy <-c(40220, 41400, 33801, 32334, 32056, 31470, 25835, 27457, 22864, 28501, 26273, 24954, 19188, 15721, 14356, 15309, 11281, 14881, 6399, 12400, 7125, 6207)
CM <- cumsum(affy)
n.markers <- sum(affy)
n.chr <- length(affy)
test <- data.frame(chr=rep(1:n.chr,affy),pos=1:n.markers,p=runif(n.markers))
plot(test$pos, -log10(test$p))

提前感谢您的帮助!

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