在散点图中连接所有点（可能的组合）

Question

这是一个小数据集：

myd <- data.frame(PC1 = rnorm(5, 5, 2), 
PC2 = rnorm (5, 5, 3), label = c("A", "B", "C", "D", "E"))
plot(myd$PC1, myd$PC2)
text( myd$PC1-0.1, myd$PC2, lab = myd$label)

我想连接直线（欧几里德）距离线之间的所有可能组合，以产生这样的图形（最好是基本图形或ggplot2）

Answer 1

以下是基础图解决方案：

plot(myd$PC1, myd$PC2)
apply(combn(seq_len(nrow(myd)), 2), 2, 
      function(x) lines(myd[x, ]$PC1, myd[x, ]$PC2))

这是ggplot2解决方案：

ps <- data.frame(t(apply(combn(seq_len(nrow(myd)), 2), 2, 
                         function(x) c(myd[x, ]$PC1, myd[x, ]$PC2))))
qplot(myd$PC1, myd$PC2) +
  geom_segment(data = ps, mapping = aes(x = X1, xend = X2, y = X3,yend = X4))

Answer 2

在ggplot中，您可以使用geom_segment绘制连接线。

但首先，您必须使用每条连接线的坐标构建数据框。使用combn()查找所有组合：

comb <- combn(nrow(myd), 2)
connections <- data.frame(
  from = myd[comb[1, ], 1:2],
  to   = myd[comb[2, ], 1:3]
)
names(connections) <- c("x1", "y1", "x2", "y2", "label")

然后绘制：

library(ggplot2)

ggplot(myd, aes(PC1, PC2)) + 
  geom_point(col="red", size=5) + 
  geom_segment(data=connections, aes(x=x1, y=y1, xend=x2, yend=y2), col="blue")