用h5

Question

问题

我在python 2.7中使用h5py创建了一个文件。

这些步骤导致腐败：

1. 我使用scp从协作者下载了一份新的副本。它是整体和286MB。

2. 我通过hdfview打开它来检查它是否可读。这会正确显示所有数据集和组。

3. 我退出hdfview。

4. 重复步骤2和3以确保hdfview不会损坏文件。

5. 我打开ipython 3.6和

   import h5py f = h5py.File(filename,'r') g = f['/sol000']#one group that should be there

我得到KeyError: "Unable to open object (Object 'sol000' doesn't exist)"

1. 我f.close()并退出ipython。我再次用hdfview打开它，整个结构都消失了。该文件现在是4KB。

我能够在python 2 hdf5中打开文件并访问所有数据集，但必须使用python 3作为我的代码。

系统

在Fedora 24上创建的文件64位，python 2.7，hdf5 2.7.0

系统尝试在Fedora 25 64位python 3.6，h5py 2.7.0

上读取它

显示最小代码

在系统1上：

import h5py
import numpy as np
f = h5py.File("file.hdf5","w")
f.create_dataset("/sol000/data",(100,100),dtype=float)
f["/sol000/data"] = np.zeros([100,100],dtype=float)
f.close()

在系统2上：执行步骤1-4。

import h5py
f = h5py.File("file.hdf5","r")
f.visit(lambda *x:print(x))
#(sol000/data,)
f.close()

Answer 1

解决方案是强制执行libver=earliest。即以下代码用于打开文件：

import h5py
f = f.File("file.hdf5","r",libver="earliest")

我发现h5py文档可能存在不一致之处。 It claims

  

“最早”选项意味着HDF5将尽最大努力   向后兼容。

     

默认为“最早”。

如果仅在我明确设置它时才有效。 事实证明，我的合作者使用旧版本的hdf5 C库创建了可破坏的文件。