Question

我使用的是64位版本的Enthought Python来处理多个HDF5文件中的数据。我在64位Windows上使用h5py版本1.3.1（HDF5 1.8.4）。

我有一个对象为我的特定数据层次提供了方便的接口，但是测试h5py.File（fname，'r'）会产生相同的结果。我正在遍历一个长列表（一次约100个文件）并尝试从文件中提取特定的信息。我遇到的问题是我从几个文件中获取相同的信息！我的循环看起来像：

files = glob(r'path\*.h5')
out_csv = csv.writer(open('output_file.csv', 'rb'))

for filename in files:
  handle = hdf5.File(filename, 'r')
  data = extract_data_from_handle(handle)
  for row in data:
     out_csv.writerow((filename, ) +row)

当我使用hdfview之类的东西检查文件时，我知道内部结构是不同的。但是，我得到的csv似乎表明所有文件都包含相同的数据。以前有人见过这种行为吗？我有什么建议可以开始调试这个问题吗？

Answer 1

我得出结论，这是Perplexing assignment behavior with h5py object as instance variable的奇怪表现。我重新编写了我的代码，以便在函数调用中处理每个文件，并且不重用该变量。使用这种方法，我没有看到相同的奇怪行为，它似乎工作得更好。为清楚起见，解决方案看起来更像：

files = glob(r'path\*.h5')
out_csv = csv.writer(open('output_file.csv', 'rb'))

def extract_data_from_filename(filename):
    return extract_data_from_handle(hdf5.File(filename, 'r'))

for filename in files:
  data = extract_data_from_filename(filename)
  for row in data:
     out_csv.writerow((filename, ) +row)

Python HDF5 H5Py会发出打开多个文件的问题

1 个答案: