Question

打开netcdf文件时出现此错误。代码之前正在运行。 如何解决此问题？

追踪（最近一次呼叫最后一次）：

文件＆＃34;＆＃34;，第1行，in       ...

文件＆＃34; file.py＆＃34;，第71行，在gather_vgt中       return xr.open_dataset（filename）

File＆＃34; /.../ lib / python3.6 / site-packages / xarray / backends / api.py＆＃34;，line   286，在open_dataset中       自动关闭=自动关闭）

文件＆＃34; /.../ lib / python3.6 / site-packages / xarray / backends / netCDF4_.py＆＃34;，   第275行，公开       ds = opener（）

文件＆＃34; /.../ lib / python3.6 / site-packages / xarray / backends / netCDF4_.py＆＃34;，   第199行，在_open_netcdf4_group中       ds = nc4.Dataset（filename，mode = mode，** kwargs）

文件＆＃34; netCDF4 / _netCDF4.pyx＆＃34;，第2015行，in   netCDF4._netCDF4.Dataset。的初始化

文件＆＃34; netCDF4 / _netCDF4.pyx＆＃34;，第1636行，   netCDF4._netCDF4._ensure_nc_success

OSError：[Errno -101] NetCDF：HDF错误：b＆＃39; file.nc＆＃39;

当我尝试用h5py打开相同的netcdf文件时，我收到此错误：

OSError：无法打开文件（在此文件上禁用文件锁定系统（使用HDF5_USE_FILE_LOCKING环境变量来覆盖）， errno = 38，错误消息=＆＃39; ...＆＃39;）

Answer 1

你必须处于这种情况：

您的HDF5库已更新（1.10.1）（netcdf在引擎盖下使用HDF5）
您的文件系统不支持HDF5库使用的文件锁定。

要阅读您的hdf5或netcdf文件，您需要设置此environment variable：

 HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE

对于参考文献，这是在HDF5 version 1.10.1，

中引入的

添加了禁用SWMR文件锁定方案的机制。

HDF5 1.10.0中使用的文件锁定调用（包括patch1）
   当底层文件系统不支持文件时，它将失败    锁定或已禁用锁定的位置。禁用所有文件
    锁定操作，一个名为
的环境变量         HDF5_USE_FILE_LOCKING可以设置为五个字符的字符串
        ＆＃39; FALSE＆＃39 ;.这并没有从根本上改变HDF5库   操作（除了初始文件打开/创建，SWMR是无锁的），
  但是用户必须更加小心打开文件   避免有问题的访问模式（即：多个编写者）＆gt;文件锁定被设计为防止。

此外，文件锁定时发出的错误消息         操作将errno设置为ENOSYS（典型的文件锁定时间为         已更新，以描述问题和潜力         分辨率更好。

（DER，2016/10/26，HDFFV-9918）

Answer 2

对于我来说，@ Florian建议的解决方案不起作用。我找到了另一种解决方案，建议导入h5py和netCDF4的顺序很重要（请参阅here）。

事实上，以下对我有用：

from netCDF4 import Dataset
import h5py

如订单所述，切换订单会导致错误。

\ [Errno -101 \] NetCDF：打开netcdf文件时出现HDF错误

2 个答案: