笛卡尔拓扑中的边界交换mpi

Question

我想在我的mpi程序中进行边境交换。 我的结构看起来像那样：

cell** local_petri_A;

local_petri_A = calloc(p_local_petri_x_dim,sizeof(*local_petri_A));

for(int i = 0; i < p_local_petri_x_dim ; i ++){
        local_petri_A[i] = calloc(p_local_petri_y_dim,sizeof(**local_petri_A));
    }

其中cell是：

typedef struct {
  int color;
  int strength;
} cell;

我想在这张图片上有一个交换方案：

所以我把我的程序放在一个笛卡尔拓扑中，首先定义mpi类型来执行交换： void create_types（）{

////////////////////////////////
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// cell type
const int    nitems=2;
int          blocklengths[2] = {1,1};
MPI_Datatype types[2] = {MPI_INT, MPI_INT};
MPI_Aint     offsets[2];

offsets[0] = offsetof(cell, color);
offsets[1] = offsetof(cell, strength);

MPI_Type_create_struct(nitems, blocklengths, offsets, types, &mpi_cell_t);
MPI_Type_commit(&mpi_cell_t);
////////////////////////////////
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MPI_Type_vector ( x_inside , 1 , 1 , mpi_cell_t , & border_row_t );
MPI_Type_commit ( & border_row_t );
/*we put the stride to x_dim to get only one column*/
MPI_Type_vector ( y_inside  , 1 , p_local_petri_x_dim , MPI_DOUBLE , & border_col_t );
MPI_Type_commit ( & border_col_t );

}

然后最终尝试从南方和北方进行交换：

   /*send to the north receive from the south */
   MPI_Sendrecv ( & local_petri_A[0][1] , 1 , border_row_t , p_north , TAG_EXCHANGE ,& local_petri_A [0][ p_local_petri_y_dim  -1] , 1 , border_row_t , p_south , TAG_EXCHANGE ,cart_comm , MPI_STATUS_IGNORE );
   /*send to the south receive from the north */
   MPI_Sendrecv ( & local_petri_A[0][ p_local_petri_y_dim  -2] , 1 , border_row_t , p_south , TAG_EXCHANGE ,& local_petri_A [0][0] , 1 , border_row_t , p_north , TAG_EXCHANGE ,cart_comm , MPI_STATUS_IGNORE );

注意：在本节中，x_inside和y_inside是＆＃34;内部＆＃34;数组的维度（没有重影部分）和p_local_petri_dim是完整数组的维度。

然后我有这个错误：

我做错了吗？

提前感谢您的帮助。

Answer 1

问题在于您分配2D阵列的方式。 您分配了一个数组数组，因此连续内存中不太可能有两行。因此，列的ddt与2D数组布局不匹配。

您可以参考MPI_Bcast a dynamic 2d array正确分配数组。

作为旁注，Fortran没有这种问题，所以如果这是一个选项，那将使你的生活更轻松。