Benjamini-Hochberg p.adjust in R - q *在哪里？

Question

在R函数p.adjust中，我找不到原始Benjamini-Hochberg paper中哪个变量是q *。

R代码：

...
}, BH = {
    i <- lp:1L
    o <- order(p, decreasing = TRUE)
    ro <- order(o)
    pmin(1, cummin(n/i * p[o]))[ro]

我很困惑因为q *，据我所知，应该由实验者选择，并且通常设置为0.05，但与alpha不同。

Answer 1

该过程计算出确实不存在的“ BH调整后的p值”，但它们仍然有用：所有低于特定固定截止点的调整后的p值都将选择完全相同的假设，这些假设将通过使用原始Q值程序。我在http://www.biostathandbook.com/multiplecomparisons.html中找到了这句话（实际上是整个部分） 很有帮助：

  

我认为“调整后的P值”有点令人困惑，因为   他们并不是任何东西的概率（P）的估计。一世   认为最好提供原始P值并说出   使用Benjamini-Hochberg过程对您的错误有重大意义   发现率，但如果本杰米尼-霍奇伯格调整后的P值很常见   在您所在领域的文献中，您可能必须使用它们。