如何在R中执行p.adjust？

Question

我有一个p.value的数据框，我想调整p.values。我用过这个commad：

Padjust = p.adjust(pvalues, "fdr")

pvalues是我的数据框，缺少值，fdr是我希望使用的方法。但是，我收到以下错误：

Error in p.adjust(pvalues, "fdr") : 
 (list) object cannot be coerced to type 'double

Answer 1

p.adjust的第一个参数应该是一个向量，请参阅

?p.adjust

在您的特定情况下，您需要从数据框中选择值并将它们传递给函数，如下所示：

p.adjust(pvalues$p.values, "fdr")

如果列名称为p.values。然后，您可以通过以下方式将调整后的p值添加到数据框中：

pvalues$adjust = p.adjust(pvalues$p.values, "fdr")