Question

下面的代码运行t-test（未配对），使用2个矩阵作为输入并返回p值，但有人可以向我显示生成p.adjusted值所需的确切代码，即FDR更正/调整后的价值（p.adjust）

m1 <-go_samp_matrix_data[grep(paste(input$mychooser2$left, collapse='|'), rownames(go_samp_matrix_data), ignore.case=TRUE),]
m2 <-go_samp_matrix_data[grep(paste(input$mychooser2$right, collapse='|'), rownames(go_samp_matrix_data), ignore.case=TRUE),]

ttestmat1<-sapply(seq(ncol(m1)), function(x) f(m1[,x], m2[,x]))  

f <- function(x,y){
  test <- t.test(x,y, paired=FALSE)
  out <- data.frame(pval = sprintf("%.3f", test$p.value))
  return(out)
}

Answer 1

你需要一个p值向量，比如说p.vect。然后，您只需将其包含在p.adjust()中，就像这样：

p.adjust(p.vect, "fdr")

如何使用p.adjust

1 个答案: