如何使用p.adjust（） - 函数

Question

我使用wilcox.test()函数获得了从两个大数据集中获取的p-values列表。

由于存在多重比较，我必须调整p值。

问题是我只是不了解p.adjust()功能是如何工作的 有人可以一步一步地告诉我该做什么，所以我得到所有已知p值的调整后的p值吗？

Answer 1

我只是重现您的数据并带来这个简单的功能：

dat <- data.frame(
    value=c(4409, 55.5, 3951.5),
    p.value=c(2.766e-15, 0.04606, 1.545e-15)
)

这是调整p值的简单函数：

getAdjustPval <- function(df, pAdjustMethod="BH", ...) {
    if(is.null(df$p.value)) {
        stop("p-value is required")
    } else {
        p <- df$p.value
        df$adjust.pvalue <- p.adjust(p, method = pAdjustMethod)
        df
    }
}

你会得到这个：

   value   p.value adjust.pvalue
1 4409.0 2.766e-15     4.149e-15
2   55.5 4.606e-02     4.606e-02
3 3951.5 1.545e-15     4.149e-15