在anaconda Jupyter笔记本中安装R库以使用R magic

Question

我正在尝试为先知运行一个教程，它在Jupyter笔记本中使用R magic。以下代码：

%%R
library(prophet)
df <- read.csv('../examples/example_wp_peyton_manning.csv')
df$y <- log(df$y)
m <- prophet(df)
future <- make_future_dataframe(m, periods=366)

返回：

Error in library(prophet) : there is no package called ‘prophet’

然后，在我的iPython笔记本中运行：

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('prophet')

返回此内容：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Secure CRAN mirrors 

 1: 0-Cloud [https]                 2: Australia (Canberra) [https] 
 3: Australia (Melbourne) [https]   4: Australia (Perth) [https]    
 5: Austria [https]                 6: Belgium (Ghent) [https]      
 7: Brazil (RJ) [https]             8: Brazil (SP 1) [https]        
 9: Bulgaria [https]               10: Chile 1 [https]              
11: China (Lanzhou) [https]        12: Colombia (Cali) [https]      
13: Czech Republic [https]         14: Denmark [https]              
15: France (Lyon 1) [https]        16: France (Lyon 2) [https]      
17: France (Marseille) [https]     18: France (Montpellier) [https] 
19: France (Paris 2) [https]       20: Germany (Münster) [https]    
21: Iceland [https]                22: Indonesia (Jakarta) [https]  
23: Ireland [https]                24: Italy (Padua) [https]        
25: Japan (Tokyo) [https]          26: Malaysia [https]             
27: Mexico (Mexico City) [https]   28: Norway [https]               
29: Philippines [https]            30: Russia (Moscow) [https]      
31: Spain (A Coruña) [https]       32: Spain (Madrid) [https]       
33: Sweden [https]                 34: Switzerland [https]          
35: UK (Bristol) [https]           36: UK (Cambridge) [https]       
37: UK (London 1) [https]          38: USA (CA 1) [https]           
39: USA (KS) [https]               40: USA (MI 1) [https]           
41: USA (TN) [https]               42: USA (TX 1) [https]           
43: USA (TX 2) [https]             44: (other mirrors)         

显示一个输入框，我做出的任何选择都会导致：

rpy2.rinterface.NULL

我有RStudio，并且先知在R Studio中正在运行w / o问题。这告诉我，我有另一个R内核在某处运行，链接到Anaconda中的环境，或者其他一些配置错误。

有没有办法解决这个问题所以我可以使用R Studio中的内核运行R或强制当前的R内核安装先知？

如何知道R magic在这个Jupyter笔记本中使用的R内核的位置？

我正在使用mac，我可能会有一些交叉链接的文件等等。（我的Jupyter笔记本显示6个内核，当我真的有3个。它正在重复我有两次）。

由于

Answer 1

你可能有2个版本的R.当你从Anaconda安装R内核时，无论你在RStudio中拥有什么，它都会安装自己的版本。这是你应该做的。从Jupyter笔记本中，在单元格中运行以下命令：

%load_ext rpy2.ipython

然后

%%R
.libPaths()

应该返回这样的内容：

[1] "/Users/user/anaconda/lib/R/library"

现在转到RStudio并运行同一行：

.libPaths()

它可能会返回如下内容：

[1] "/Users/user/Library/R/3.2/library"                      
[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"

在这个例子中，你可以看到一个R在anaconda中，另一个是独立的R.你的RStudio中的那个，你正确加载Prophet的那个是独立的。

最好的解决方案是让RStudio使用与Conda使用的版本相同的版本。要做到这一点，有很多方法可以在两个版本之间切换，但最好的方法是使用一个名为Rswitch的简单实用程序，您可以从here下载。

RSwitch会检测您计算机中的所有R版本，并允许您的RStudio在您拥有的不同版本的R之间切换。

同样，我的建议是切换到Conda正在使用的R版本，并从RStudio安装您的软件包以避免从Jupyter笔记本中执行此操作，这可能会显示错误，例如

  

rpy2.rinterface.NULL

你指出了。希望这有效。

Answer 2

问题中有很多问题。回答其中一个：

  

如何知道R magic在这个Jupyter笔记本中使用的R内核的位置？

在Jupyter，做：

%run -m rpy2.situation