SGE脚本为每个核心使用一个任务来执行MPI作业

Question

我有一个使用cnfcluster创建的AWS群集。它由4个m4.xlarge节点组成。我正在尝试编写一个sge脚本，每个核心使用一个任务。无论有什么变化，我只在输出中看到一个主机。 任何人都可以建议更改脚本吗？

ubuntu@ip-172-31-29-121:~$ qconf -sh 
ip-172-31-16-28.us-west-2.compute.internal
ip-172-31-20-128.us-west-2.compute.internal 
ip-172-31-29-121.us-west-2.compute.internal 
ip-172-31-30-78.us-west-2.compute.internal 
ip-172-31-30-81.us-west-2.compute.internal 

SGE脚本

#!/bin/bash 
# 
#$ -cwd 
#$ -j y 
#$ -pe mpi 8 
#$ -S /bin/bash 
mpirun -np 8 hostname 

输出

ip-172-31-30-78 
ip-172-31-30-78 
ip-172-31-30-78 
ip-172-31-30-78 
ip-172-31-30-78
ip-172-31-30-78 
ip-172-31-30-78 
ip-172-31-30-78 

Answer 1

使用SGE选项安装OpenMPI（2.1.1）解决了使用多个节点的问题。

 ./configure --prefix=/usr/local --with-sge

群集配置的更改（请参阅AWS cfncluster）有助于为每个核心设置一个任务。