我正在尝试将55个样本的DNAbin文件my_dnabin1转换为fasta格式。我使用以下代码将其转换为fasta文件。
dnabin_to_fasta <- lapply(my_dnabin1, function(x) as.character(x[1:length(x)]))
这将生成55个样本的列表，如下所示：
$ SS.11.01
[1]“t”“t”“a”“c”“c”“t”“a”“a”“a”“a”“a”“g”“c”“c”“g “”c“”t“”t“”c“”c“”c“”t“”c“”c“”a“”a“ [27]“c”“c”“c”“t”“a”“g”“a”“a”“g”“c”“a”“a”“a”“c”“c”“t “”t“”t“”c“”a“”a“”c“”c“”c“”c“”a“
$ SS.11.02
[1]“t”“t”“a”“c”“c”“t”“a”“a”“a”“a”“a”“g”“c”“c”“g “”c“”t“”t“”c“”c“”c“”t“”c“”c“”a“”a“ [27]“c”“c”“c”“t”“a”“g”“a”“a”“g”“c”“a”“a”“a”“c”“c”“t “”t“”t“”c“”a“”a“”c“”c“”c“”c“”a“
依旧......
但是，我想要一个fasta格式的文件作为输出，可能看起来像：
>SS.11.01 ttacctga
>SS.11.02 ttacctga
答案 0 :(得分：0)
你可以试试这个
lapply(my_dnabin1, function(x) paste0(x, collapse = ''))