在R中组合多个计数矩阵

时间:2017-08-18 10:13:11

标签: r

我有5个矩阵,有3个公共列和超过400K行。每列具有染色体,基因组位置和每个位置的读数。但是,每个矩阵都有不同的行数。

const UserForm = (props) => {
    let nameInput, familyInput, patronymicInput;

    const addUser = () => {
        props.addUser({
            name: nameInput.value,
            family: familyInput.value,
            patronymic: patronymicInput.value
        });
    }

    return (...);
}

export default connect(
    state => ({
        testStore: state
    }),
    dispatch => ({
        addUser: (data) => {
            dispatch({ type: 'ADD_USER', data});
        }
    })
)(UserForm);

正如您在上面所看到的,矩阵之间存在包含相同信息但计数不同的行。 我想创建一个新的矩阵,我将获得样本之间所有类似的染色体/位置,但计数应该是一个额外的列,如下所示:

> head(SM1Counts)
          Chromosome Position SM1x
27275 NW_017614756.1    17486 5425
3568     NC_013663.1     2626 4173
9087     NC_013663.1     5935 4153
9546     NC_013663.1     6223 3830
8094     NC_013663.1     5346 3491
27569 NW_017614756.1    17749 3388

> head(BM1Counts)
          Chromosome Position BM1x
8630     NC_013663.1     5935 3656
3414     NC_013663.1     2626 3449
7728     NC_013663.1     5346 3333
9093     NC_013663.1     6223 3163
3132     NC_013663.1     2445 2670
25920 NW_017614756.1    17486 2625

我一直试图以各种方式做到这一点,但我失败了。

如果我没有错,

合并仅适用于两个矩阵,但我有5个。 试图一步一步地做,但需要花费很多时间,最后我得不到我想要的东西:

> exmatrix
      Chromosome Position BM1x SM1x
1 NW_017614255.1    18550  106  200
2 NW_017616165.1    18794   50   43
3 NW_017616275.1    18344   20   15
4 NW_017614354.1    18694   51   62
5 NW_017616171.1     6199   35   18

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