Question

我有一个简单的问题，但它花了我几个小时。我想cbind（）一个矩阵和一个数据帧。关键是，它们没有相同的长度。

矩阵

条件
        [,1]
ILMN_1666845 TRUE

ILMN_1716400是的

Data.frame

一

t1 t2 t3 t4   1 0 1 1 1

如果我使用没有循环的cbind（），一切正常，结果就是这样：

b将-cbind（条件，一个） B'/ P>
        condition t1  t2  t3  t4
ILMN_1666845是0 1 1 1

ILMN_1716400是0 1 1 1

但在for循环中我收到以下错误： data.frame（...，check.names = FALSE）出错：参数意味着不同的行数：0,1

任何人都可以帮助我吗？谢谢！

对于循环代码：

for（p in 1：nrow（outcome））{

id＆lt; - apply（可规则，1，函数（i）

总和（我[1：长度（规定）]！=结果[p，]）== 0）

IDD及LT; -as.matrix（ID）

condition = subset（idd，idd [，1] == TRUE）

A＆LT; -as.data.frame（吨（成果[P，]））

b将-cbind（条件，一个）

write.table（b，“file.txt”，append = TRUE）}

Answer 1

就我可以从您的代码中读取而言，您尝试cbind一个可能无效的空对象。这也是错误告诉你的。可能在某些时候a只是空的，因为没有匹配。所以只需添加一个条件

if(sum(id) !=0) { ... }

通过重写代码来考虑这一点，您可以从中受益匪浅。我试着猜猜你想做什么，这段代码完全一样：

xx <- apply(outcomes,1,function(p){
    id <- apply(regulationtable,1,function(i)
      sum(i != p ) == 0)
    if(sum(id) !=0)
     cbind(as.data.frame(id[id]),t(p))
})

write.table(do.call(rbind,xx),file="file")

它返回一个列表xx，对于每个可能的结果，具有相同规则模式的基因。用以下方法测试：

outcomes <- expand.grid(c(0,1),c(0,1),c(0,1),c(0,1))

regulationtable <- data.frame(
    t1=sample(0:1,10,replace=T),
    t2=sample(0:1,10,replace=T),
    t3=sample(0:1,10,replace=T),
    t4=sample(0:1,10,replace=T)
)
rownames(regulationtable) <- paste("Gene",1:10,sep="-")

用cbind（）组合循环中的不等长度矩阵

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