Question

我在Debian v-9.1.0 64位Linux平台上的当前版本的Miniconda3中安装了Spyder3.2.1。 Spyder表现不错，但我在安装RDKit时遇到了困难。

我按照RDKit_Docs_current.pdf“

中的说明进行操作

如何使用Conda安装RDKit 使用这些包安装RDKit创建新的conda环境需要一个类似的命令以下:: $ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit 最后，必须激活新环境，以便相应的python解释器可用同壳： $ source激活my-rdkit-env

安装过程中没有警告或错误消息，但是当我尝试运行简单的Python脚本时：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Aug 15 11:41:24 2017

@author: comp
"""

from __future__ import print_function
from rdkit import Chem

m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
m

我明白了：

IPython 6.1.0 -- An enhanced Interactive Python.

runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py', 
wdir='/home/comp/Apps/Python')
Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-1-3842c59475d8>", line 1, in <module>
runfile('/home/comp/Apps/Python/untitled0.py', 
wdir='/home/comp/Apps/Python')

File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 688, in runfile
execfile(filename, namespace)

File "/home/comp/Apps/miniconda3/lib/python3.6/site-
packages/spyder/utils/site/sitecustomize.py", line 101, in execfile
exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)

File "/home/comp/Apps/Python/untitled0.py", line 10, in <module>
from rdkit import Chem

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

RDKit安装在〜/ miniconda3 / envs / mr-rdkit-env

不幸的是，我不知道问题可能是什么，非常感谢协助。

提前致谢。

Answer 1

如果您正在使用Pycharm，请尝试在File＆gt;中安装RDKit包。设置＆gt;项目口译员＆gt; +，然后搜索RDkit以安装和使用安装了RDKit的Python解释器，或者您可以在Python解释器上引用〜/ miniconda3 / envs / mr-rdkit-env / python.exe

Answer 2

将你的currrent python版本切换到python2.7，你可以创建一个环境：conda create -n my_env_name python=2.7

安装RDKit

2 个答案: