在Anaconda上安装rdkit和deepchem

时间:2018-08-04 20:59:03

标签: python rdkit

我对如何安装rdkit和deepchem感到困惑。在这里,我列出了我遇到的问题,感谢您的帮助。

rdkit: 经过几次试验,我终于确定rdkit仅在python2上可用。按照他们网站上的建议,我安装了rdkit:

$ conda create -n rdkit -c rmg rdkit
$ source activate rdkit 

我确保从终端窗口调用时获得正确版本的rdkit:

>>> rdkit.__version__
'2016.03.4'

但是,当我打开jupyet笔记本并导入rdkit时,出现错误:

ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-6b72bd8913ab> in <module>()
----> 1 import rdkit

ImportError: No module named rdkit

deepchem: 然后,我继续并安装了deepchem,但是由于对rdkit的依赖性,我无法安装deep chem。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

以下是一些建议:

  • 尝试使用单行DeepChem安装命令conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem=2.3.0。这将自动为您在同一个环境中安装rdkit。
  • 如果您的环境和rdkit遇到问题,建议您使用Google colab。这样您就可以进行实验,而不必处理本地安装问题https://forum.deepchem.io/t/getting-deepchem-running-in-colab/81