RDKIT：合并/添加粒子

Question

我有一个大环和共价有机笼的数据库，我希望在其中向腔中添加分子/离子。我需要通过RDKIT进行此操作。有简单的方法可以完成此任务吗？

例如：

from rdkit import AllChem

guest = [x_value, y_value, z_value]
cage = AllChem.MolFromMolFile('cage_file.mol')

cage_guest = cage+guest (along the lines of)

然后，我希望能够以通常的方式操纵cage_guest。

Answer 1

我认为这在rdkit中是不可能的。您应该看看stk，它使用rdkit建造有机笼子。 Here似乎是您需要的系统。