如何在PyCharm中将RDKit添加到项目中？

Question

所以，我正在尝试将RDKit添加到PyCharm中的项目中。我发现如果您使用解释器/usr/bin/python2.7，PyCharm将尝试使用pip安装内容。虽然，RDKit需要conda。我尝试将解释器更改为conda，但RDKit要么不在列表中，要么无法使用回购打开URL。有谁知道如何解决这个问题？

顺便说一句，是否可以让翻译/usr/bin/python2.7在安装内容时使其他任何东西（不是pip）使用？

Answer 1

我终于找到了如何做到这一点并不困难：

1. 安装conda;
2. 按照these instructions
安装RDKit
3. 转到PyCharm中的首选项，如下所示：



或者像这样（你需要一把扳手）：



1. 在项目解释器中选择：〜/ anaconda / envs / my-rdkit-env / bin / python

2. 确保添加或更新PATH的相应python路径，否则无效。

测试：

1. 试图安装fiona - 成功，因此对安装没有影响;
2. 尝试了简单的代码：print('HELLO WORLD!') - 工作

3. 尝试过rdkit代码

       from rdkit import Chem
   
   
       m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
   
       print(m)
   

工作，日志：<rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x101125080>

Answer 2

另一种选择是在 PyCharm 中创建新项目时选择现有的虚拟环境。完成 Anna 上面列出的步骤后，“创建项目”屏幕的“先前配置的解释器”部分应显示 ~/anaconda/envs/my-rdkit-env/bin/python 作为选项。