如何访问snakemake脚本名称？

Question

有没有办法访问使用snakemake运行的snakefile的名称？它似乎可以通过解析sys.argv来访问，但我想知道是否有可用的变量包含这样的环境信息？

Answer 1

在snakefile中，您可以通过workflow.snakefile访问正在使用的snakefile的完整路径。 workflow对象公开其他调用信息;您可以通过print(dir(workflow))（在snakefile中）探索全部属性和方法。

如果您只想要Snakefile的文件名，可以使用os.path.basename()解析：

import os
print(os.path.basename(workflow.snakefile))