--immediate-submit {dependencies}字符串包含脚本路径，而不是作业ID？

Question

我正在尝试在PBSPro群集上使用--immediate-submit。我尝试使用依赖项字符串的就地修改来使其适应PBSPro，类似于所做的here。

snakemake --cluster "qsub -l wd -l mem={cluster.mem}GB -l ncpus={threads} -e {cluster.stderr} -q {cluster.queue} -l walltime={cluster.walltime} -o {cluster.stdout} -S /bin/bash -W $(echo '{dependencies}' | sed 's/^/depend=afterok:/g' | sed 's/ /:/g')"

这最后一部分转换为，例如：

-W depend=afterok: /g/data1a/va1/dk0741/analysis/2018-03-25_marmo_test/.snakemake/tmp.cyrhf51c/snakejob.trimmomatic_pe.7.sh

这里有两个问题：

1. 如何获取依赖项字符串以输出作业ID而不是脚本路径？ qsub命令通常会将作业ID输出到stdout，所以我不确定为什么它在这里没有这样做。

2. 如何摆脱afterok:之后的空格？我已经尝试了一切！

顺便说一句，如果有一些选项可以调试提交或者不删除.snakemake中的tmp.cyrhf51c目录，那将会有所帮助 - 有什么方法可以做到这一点吗？

谢谢， 大卫

Answer 1

我建议使用配置文件，而不是试图找到临时解决方案。这也有助于调试。例如，已经有一个pbs-扭矩曲线（https://github.com/Snakemake-Profiles/pbs-torque），可能对pbspro没有太大的改变？