如何在MATLAB中制作Mahalanobis距离矩阵？

Question

我有一个数据集，每个样本有5个重复，有25个变量。 我试图使用这些参数在所有样本之间建立Mahalanobis距离矩阵。我使用了“mahal”函数，但这给出了每个重复的所有距离的向量。如何在样本（38 * 38）之间建立距离矩阵而不是向量（1 * 190）？

Answer 1

对于某些测试数据：

X = rand(38,25); % some random test data with 38 observations and 25 variables
X = repmat(X,5,1); % 5 duplicates of each observation

您可以使用：

X = unique(X,'rows'); % remove duplicate observations
D = pdist(X,'mahalanobis'); % distance between all remaining observations
Z = squareform(D); % to square matrix format