将脚本从PBS更改为SLURM

时间:2017-06-24 16:40:59

标签: bash slurm

我刚从PBS切换到SLURM。最初我的脚本读作: 试图将我的脚本从PBS更改为SLURM。之前看起来像:

qsub -N $JK -e $LOGDIR/JK_MASTER.error -o $LOGDIR/JK_MASTER.log -v 
Z="$ZBIN",NBINS="$nbins",MIN="$Theta_min"  submit_MASTER_analysis.sh    

现在需要类似的东西:

sbatch --job-name=$JK -e $LOGDIR/JK_MASTER.error -o $LOGDIR/JK_MASTER.log --export=Z="$ZBIN",NBINS="$nbins",MIN="$Theta_min"  
submit_MASTER_analysis.sh

但由于某种原因,这并没有完全执行这项工作,认为这是变量的问题。

1 个答案:

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我现在已经知道如何做到这一点,所以我想最好只为其他感兴趣的人更新帖子。

在我的启动脚本中,我现在有

`sbatch --job-name=REALIZ_${R}_zbin${Z} \
        --output=$RAND_DIR/RANDOM_MASTER_${R}_zbin${Z}.log \
        --error=$RAND_DIR/RANDOM_MASTER_${R}_zbin${Z}.error \
        --ntasks=1 \
        --cpus-per-task=1 \
        --ntasks-per-core=1 \
        --threads-per-core=1 \
        submit_RANDOMS_analysis.sh $JK $ZBIN $nbins $R $Theta_min 'LOW'`

其中$JK $ZBIN $nbins $R $Theta_min 'LOW'是我提交给队列submit_RANDOMS_analysis.sh的脚本的参数。然后在提交的脚本中调用它,例如第一个参数JK=$1