如何使用雪与r循环并行化

时间:2017-06-15 17:04:01

标签: r for-loop apply snow

我有一个很长的循环(约100天)。我希望能加快雪库的速度,但是我对申请陈述并不满意。这只是循环的一部分,但是如果我能想出这部分,其余部分应该是直截了当的。我可以使用一堆apply语句或循环,但是使用一个函数来使用一个apply语句来获取对象' p'会是理想的。

原始数据

dim(m1)   == x x    # x >>> 0
dim(m2)   == y x    # y >>> 0, y > x, y > x-10
dim(mout) == x x    
thresh    == x-10   #specific to my data, actual number probably unimportant
len(v1)   == y      #each element is a random integer, min==1, max==thresh 
len(v2)   == y      #each element is a random integer, min==1, max==thresh 

原创循环

p <- rep(NA,y)
for (k in 1:y){
    mout <- m1 * matrix(m2[k,],x,x)
    mout <- mout/sum(mout)

    if (v1[k] < thresh + 1){
        if(v2[k] < thresh + 1){
            p[k] <- out[v1[k],v2[k]]
        }
        if(v2[k] > thresh){
            p[k] <-  sum(mout[v1[k],(thresh+1):x])
        }
    }

    #do stuff with object 'p'
}

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