Biopython在位置列表中提取基本调用

Question

我有一份感兴趣的职位列表，例如：

10
20
1000
4000000

我想使用biopython从fasta文件中提取这些位置的基本调用。

这就是我的尝试：

query_dic ={}
with open(line) as pos_file:
    for x in pos_file:
        for seq_record in SeqIO.parse(query_file, "fasta"):
            nuc = seq_record[x] 
            query_dic[x]=nuc

错误消息显示＆＃39;无效索引＆＃39; - 出了什么问题？

Answer 1

很可能一些序列的长度不足以拥有那么多字母，因此较大的索引无效。

您可以考虑将最终循环修改为：

if len(seq_record) > x:
    nuc = seq_record[x]
else:
    nuc = None
query_dic[x] = nuc