如何使用tsv文件中的位置提取子字符串形成序列

时间:2019-04-24 12:23:10

标签: python-3.x biopython

我正在尝试编写一个代码,该代码自动从包含开始和结束位置的tsv文件中提取。我想使用这些位置从fasta序列中提取子字符串。 我尝试这样做:

import csv
import re

species_pos = '(\d* \d*)\D'
c_species_pos = re.compile(species_pos)

with open('/home/elissar/Documents/Fasta_sequences/start.tsv') as tsvfile:
    tsvreader = csv.reader(tsvfile, delimiter="\t")
    for line in tsvreader:
        pos_found = re.findall(c_species_pos, re.Pattern)
        print(species_pos)
    tsvfile.close()

但是它返回:

type error: expected string or bytes-like object

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