我正在尝试编写一个代码,该代码自动从包含开始和结束位置的tsv
文件中提取。我想使用这些位置从fasta
序列中提取子字符串。
我尝试这样做:
import csv
import re
species_pos = '(\d* \d*)\D'
c_species_pos = re.compile(species_pos)
with open('/home/elissar/Documents/Fasta_sequences/start.tsv') as tsvfile:
tsvreader = csv.reader(tsvfile, delimiter="\t")
for line in tsvreader:
pos_found = re.findall(c_species_pos, re.Pattern)
print(species_pos)
tsvfile.close()
但是它返回:
type error: expected string or bytes-like object