从Nexus文件中获取对齐的排除位置

Question

我可以成功使用BioPython的AlignIO模块读取Nexus文件并生成序列和ID列表。由Mesquite和其他程序生成的Nexus文件可以定义set of excluded positions（称为exset），这些文件将被忽略或进一步过滤掉。 Biopython是否提供了从nexus文件解析exset的方法？ （理想情况下是整数列表）。我在文档中找不到提及。现在我已经编写了自己的函数，这个函数有点笨拙，可能过于依赖于我一直在测试的特定nexus文件。

Answer 1

如果有的话，Biopython对此的支持有限。但您要查找的数据位于Nexus对象中：

from Bio.Nexus import Nexus

# I'm using the sample file from
# http://paup.csit.fsu.edu/data/primate-mtDNA-interleaved.nex
nex = Nexus.Nexus(input="sample.nex")

for block in nex.unknown_blocks:
    if block.title == "assumptions":
        for assumption in block.commandlines[0]:
            if assumption.startswith("exset"):
                print assumption

输出：

exset coding = noncoding
exset noncoding = coding

因此解析器会加载＆＃34;假设＆＃34;阻止进入unknown_blocks。在那里你可以搜索名为＆＃34;假设＆＃34;并手动解析行。命令行包含一个包含列表的列表，所以在这里我提取了第一个列表。创建自己的专用解析器似乎很容易，仅适用于以＆＃34; exset＆＃34;开头的行。