因此...
我正在处理氨基酸序列。
我得到了一个包含参考序列的fasta文件和一个txt文件，给出了每个序列的分类（域，子域，昵称等等）。首先，我需要构建一个包含这些序列的树，以检查它们是否根据它们所属的类别进行分组。示例：属于域A组的序列，属于子域A1组的序列等等。
然后......我得到了一个fasta文件，其中包含来自宏基因读取的OTU代表和一个OTU计数表，声明我的20个样本中每个样本中有多少代表存在。我需要将这些OTU序列与先前构建的树对齐~AND~考虑每个样本的计数，以检查每个样本被丰富的类别。
我应该使用哪些软件？
谢谢！