Question

我是系统发育分析的新手，我使用ape库来分析来自28个不同物种的34种灵长类动物的神经解剖学特征。我用10ktree来获得一致的系统发育树（有28个提示）。但是，我无法将表型和树结合起来，因为观察的数量与提示的数量不匹配。我应该使用切除术将尖端分成多个受试者吗？

到目前为止，这是我的代码：

tree <- read.nexus("10ktree.nex")
pheno <- read.csv("pheno.csv")
BrainVolume <- pheno$BrainVolume
names(BrainVolume) <- pheno$GenBank.Name
pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree)

我收到以下错误：

Error in pic(BrainVolume, tree) : 
  length of phenotypic and of phylogenetic data do not match

感谢您的帮助！

Answer 1

正如我在评论中所说，Emmanuel Paradis的书“用R分析系统发育和进化”第二章（2012）中的第6.1.10章“种内变异”在这个问题上有确切的信息。本章讨论了几种方法。这是一个基于Felsenstein（2008）的研究，它将每个物种的单个个体系统发育对比方法扩展到多个个体。

每种物种的单个人呼叫是pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree)，其中BrainVolume是一个向量。对于多个体的方法，BrainVolume必须是一个列表，其中一些条目可以具有表示同一物种的多个个体的值的向量。我使用

创建了原始pheno文件的“分组”版本

grouped<-split(pheno,pheno$GenBank.Name)

接下来，lapply列出BrainVolume表型列表：

BrainVolume<-lapply(grouped,"[[","BrainVolume")

最后，使用实现Felsenstein方法的pic.ortho函数：

pic.SA<-pic.ortho(SA,tree,intra=TRUE)

结果对比可以与原始pic命令一起使用。

<强>参考

Felsenstein J（2008）“具有抽样误差和种内变异的比较方法：对比重访和修订”美国自然主义者171：713--725

如何在我的系统发育树的每个尖端分析我有多个人数据的特征？

1 个答案: