Question

我在某个背景下进行采样或排除某些可能性时会遇到麻烦。

我正在尝试创建一个洗牌基因组区域的R函数。

目前该功能运作良好，并按照以下步骤操作：

检索查询的所有基因组区域长度和染色体。
将所有可能的开始计算为指定的染色体总大小减去每个查询区域的长度。
计算混洗的基因组区域，因为开始从0到可能的开始采样，宽度只是每个查询区域的宽度。

这个函数使用GenomicRanges对象，这里是它的代码：

GrShuffle <- function(regions, chromSizes = LoadChromSizes("hg19")) {
    # Gets all the regions lengths from the query.
    regionsLength <- regions@ranges@width
    # The possible starts are the chromosome sizes - the regions lengths.
    possibleStarts <- chromSizes[as.vector(regions@seqnames), ] - regionsLength
    # Gets all the random starts from sampling the possible starts.
    randomStarts <- unlist(lapply(possibleStarts, sample.int, size = 1))
    granges <- GRanges(regions@seqnames, IRanges(start = randomStarts,
                                             width = regionsLength),
                   strand=regions@strand)
    return(granges)
}

但现在我需要使用一个宇宙，即另一组区域，这些区域将决定将在哪个范围内发生。宇宙就像对采样的限制一样。它将是另一组区域，如查询。并且不应该在这些地区之外进行改组。

关于如何在R范围内进行采样的任何线索？

与使用循环相比，lapply很重要，因为它大大减少了函数的执行时间。

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这是一个可重复的示例，它不使用GenomicRanges来最大限度地实现我想要实现的目标。

## GENERATES A RANDOM QUERY
chromSizes <- c(100,200,250)
names(chromSizes) <- c("1","2","3")
queryChrom <- sample(names(chromSizes), 100, replace = TRUE)
queryLengths <- sample(10, 100, replace = TRUE)
queryPossibleStarts <- chromSizes[queryChrom] - queryLengths
queryStarts <- unlist(lapply(queryPossibleStarts, sample.int, size = 1))
query <- data.frame(queryChrom, queryStarts, queryStarts + queryLengths)
colnames(query) <- c("chrom", "start", "end")
##

##SIMPLIFIED FUNCTION
# Gets all the regions lengths from the query.
regionsLength <- query$end - query$start
# The possible starts are the chromosome sizes - the regions lengths.
possibleStarts <- chromSizes[query$chrom] - regionsLength
# Gets all the random starts from sampling the possible starts.
randomStarts <- unlist(lapply(possibleStarts, sample.int, size = 1))
shuffledQuery <- data.frame(queryChrom, randomStarts, randomStarts + queryLengths)
colnames(shuffledQuery) <- c("chrom", "start", "end")
##

范围内的采样

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