如何在3d文件中的特定位置生成3d ROI球体（python / nilearn）

Question

我的目标是使用3d球面遮罩在给定位置遮罩3D图像。 我想在这个3D蒙版中提取图像的所有值

我目前正在使用python的nilearn.image.NiftiSpheresMasker函数以下列方式实现此目的：

document.getElementById('status');

然而，这仅返回ROI内的平均信号。有没有办法：

• 提取此函数使用的遮罩（以便我可以手动获取值）
• 使用替代方法来实现此3D ROI

P.s我已经尝试过使用FSL的central_coordinates=(x,y,z) masker = NiftiSpheresMasker(central_coordinates, radius=rad) values=masker.fit_transform(resampled_image) ，它适用于立方体但不适用于球体。

Answer 1

我设法通过使用包nltools

中的函数create_sphere来解决这个问题

请参阅此链接：https://github.com/ljchang/nltools/issues/122