我想在一个PDF中保存不同的PCA图。我已经测试了myPCs矩阵,并通过命令行绘制了几个图,它可以在那里工作。
***我想将下面的所有九个图都放在一个PDF文件中(9页)
PCAPlots <-function(Object){
beta<-getBeta(Object)
beta <-t(beta)
myPCA=prcomp(beta,scale.=TRUE,center=TRUE)
myPCs=data.frame(myPCA$x)
pdf("PCA.pdf")
qplot(PC2,PC1,data=myPCs,colour=pheno$sex)
qplot(PC3,PC2,data=myPCs,colour=pheno$sex)
qplot(PC4,PC3,data=myPCs,colour=pheno$sex)
qplot(PC2,PC1,data=myPCs,colour=pheno$age)
qplot(PC3,PC2,data=myPCs,colour=pheno$age)
qplot(PC4,PC3,data=myPCs,colour=pheno$age)
qplot(PC2,PC1,data=myPCs,colour=pheno$treatment)
qplot(PC3,PC2,data=myPCs,colour=pheno$treatment)
qplot(PC4,PC3,data=myPCs,colour=pheno$treatment)
dev.off()
}
myPlots <-PCAPlots(Object)