Question

我有一个列表p，其中p的每个元素都是ggplot2绘图对象的列表。

我想输出一个包含p中所有图表的pdf，以便p[[1]]中的图表位于第1页，p[[2]]中的图表位于第2页，等等我怎么能这样做？

下面是一些示例代码，为您提供我正在使用的数据结构 - 为无聊的情节道歉，我随机选择了变量。

require(ggplot2)
p <- list()

cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    p[[i]] <- list()
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    p[[i]][[1]] <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    p[[i]][[2]] <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
}

Answer 1

此解决方案与列表p中列表的长度是否不同无关。

library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
for (i in seq(length(p))) {
  do.call("grid.arrange", p[[i]])  
}
dev.off()

由于onefile = TRUE，函数pdf会将所有图形按顺序保存在同一个文件中（一个图形为一页）。

Answer 2

这是一个简单版本的Sven解决方案，适用于R初学者，否则他们会盲目地使用他们既不需要也不理解的do.call和嵌套列表。我有经验证据。：）

library(ggplot2)
library(gridExtra)

pdf("plots.pdf", onefile = TRUE)
cuts <- unique(diamonds$cut)
for(i in 1:length(cuts)){
    dat <- subset(diamonds, cut==cuts[i])
    top.plot <- ggplot(dat, aes(price,table)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    bottom.plot <- ggplot(dat, aes(price,depth)) + geom_point() + 
        opts(title=cuts[i])
    grid.arrange(top.plot, bottom.plot)
}
dev.off()

Answer 3

这是一个解决方案，但我并不特别喜欢它：

ggsave("test.pdf", do.call("marrangeGrob", c(unlist(p,recursive=FALSE),nrow=2,ncol=1)))

问题在于它依赖于每组中有相同数量的图。如果all(sapply(p, length) == 2)为假，则会中断。

Answer 4

一个适用于我的解决方案，适用于ggpubr软件包（Github上的软件包，安装代码：devtools::install_github("kassambara/ggpubr")）。

假设您有4个图p1，p2，p3和p4。

library(ggpubr)
multi.page <- ggarrange(p1,p2,p3,p4, nrow=1, ncol=1) # for one plot per page
multi.page[[1]] # for seeing the first plot
ggexport(multi.page, filename="my-plots.pdf")

ggpubr使用的更多示例：http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/81-ggplot2-easy-way-to-mix-multiple-graphs-on-the-same-page/

Answer 5

这是基于Sven方法的功能，包括 roxygen2 文档和示例。

#' Save list of ggplot2 objects to single pdf
#'
#' @param list (list) List of ggplot2 objects.
#' @param filename (chr) What to call the pdf.
#'
#' @return Invisible NULL.
#' @export
#'
#' @examples
#' #plot histogram of each numeric variable in iris
#' list_iris = map(names(iris[-5]), ~ggplot(iris, aes_string(.)) + geom_histogram())
#' #save to a single pdf
#' GG_save_pdf(list_iris, "test.pdf")
GG_save_pdf = function(list, filename) {
  #start pdf
  pdf(filename)

  #loop
  for (p in list) {
    print(p)
  }

  #end pdf
  dev.off()

  invisible(NULL)
}

Answer 6

这是使用ggplot2::ggsave()和gridExtra::marrangeGrob()将ggplot对象列表导出到单个pdf文件中的最优雅的解决方案。

library(ggplot2)
library(gridExtra)

假设您使用lapply()

创建了多个图

p <- lapply(names(mtcars), function(x) {
  ggplot(mtcars, aes_string(x)) + 
    geom_histogram()
})

保存p个图的列表：

ggsave(
   filename = "plots.pdf", 
   plot = marrangeGrob(p, nrow=1, ncol=1), 
   width = 15, height = 9
)

Answer 7

我尝试了其中一些解决方案，但没有成功。我进行了更多研究，找到了最适合我的解决方案。它将我所有的图形保存在一个pdf文件中，每个图表都在一页上。

library(ggplot2)


pdf("allplots.pdf",onefile = TRUE)
for(i in glist){
   tplot <- ggplot(df, aes(x = as.factor(class), y = value))
   print(tplot)
}
dev.off()

Answer 8

没有gridExtra包的好方案：

library(plyr)
library(ggplot2)

li = structure(p, class = c("gglist", "ggplot"))
print.gglist = function(x, ...) l_ply(x, print, ...)
ggsave(li, file = "test.pdf")

将多个ggplots打印成单个pdf，每页多个图

8 个答案: