Question

可能非常简单，

我有dendrogram：

set.seed(1)
my_mat <- matrix(rnorm(100),nrow=10,ncol=10)
my_dend <- as.dendrogram(hclust(dist(my_mat)))

我希望使用dendrapply从height中的每个attribute中提取node my_dend，因为它遍历dendrogram in pre-order dendrapply。

在my_dend上试用dendrapply(my_dend, function(n) utils::str(attributes(n))) example：

pre-order

它不会返回值，但会在height中打印出我需要的信息。我认为只需返回attribute dendrapply(my_dend, function(n) attr(n,"height"))即可：

join

但显然我错了。

有什么想法吗？

Answer 1

这是你想要的吗？

sapply(hclust(dist(my_mat)), '[')$height
#[1] 2.195193 2.661372 2.837259 2.890944 3.745600 4.098533 4.177088 5.514541 6.496675
#and order
sapply(hclust(dist(my_mat)), '[')$order
# [1]  4  1 10  8  9  2  5  7  3  6

库dendextend_get_branches_heights

中还有dendextend

dendextend_get_branches_heights(my_dend)
#[1] 2.195193 2.661372 2.837259 2.890944 3.745600 4.098533 4.177088 5.514541 6.496675

Answer 2

要获得树形图中所有节点的高度，可以使用dendextend包中的函数get_nodes_attr。

library(dendextend)
get_nodes_attr(my_dend, "height")

 [1] 6.496675 0.000000 5.514541 3.745600 2.195193 0.000000 0.000000 2.890944
 [9] 0.000000 0.000000 4.177088 2.837259 0.000000 0.000000 4.098533 0.000000
[17] 2.661372 0.000000 0.000000

Answer 3

这远非优雅，但有效：

保存

的输出

dendrapply(my_dend, function(n) utils::str(attributes(n)))

到文件，然后编辑该文件：

  out.fn <- "dendrogram.output"
  capture.output(dendrapply(my_dend, function(n) utils::str(attributes(n))),file=out.fn)
  system(paste0("sed -i '/List of/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/\\[\\[/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/NULL/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/^$/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/class/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/midpoint/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/leaf/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/label/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i '/members/d' ",out.fn))
  system(paste0("sed -i 's/ \\$ //g' ",out.fn))
  system(paste0("perl -i -pe 's/height\\s+:\\s+num\\s+//g' ",out.fn))

  my_dend.df <- dplyr::filter(read.table(out.fn,header=F,sep=",",stringsAsFactors=F,col.names="depth"),depth != 0)

> my_dend.df
  depth
1  6.50
2  5.51
3  3.75
4  2.20
5  2.89
6  4.18
7  2.84
8  4.10
9  2.66

使用dendrapply从每个树形图节点提取高度

3 个答案: