我正在使用两个大型数据集（三维点的坐标）。第一个数据集有大约一百万个点（Data1），而第二个数据集有五千万个点（Data2）。我需要通过将两个数据集相互比较来进行配对计数和范围查询。目前，我正在使用scipy cKDTree（我已经快速阅读了它）。
from scipy.spatial import cKDTree
KDTree_Data1 = cKDTree(Data1)
KDTree_Data2 = cKDTree(Data2)
print "KDTree created"
Data2_Indx = KDTree_Data1.query_ball_tree(KDTree_Data2, r=170, p=2.0, eps=0)
print "Something"
当我为测试用例（小尺寸的Data1和Data2）运行此脚本时，它运行正常，但是当我针对实际情况运行它（数据1为~1 mil，Data2为~50 mil）时，我得到以下输出（和错误消息）。
KDTree created
Killed: 9
我怀疑query_ball_tree需要比计算机更多的内存。我正在使用配备16 GB（1867 MHz DDR3）内存和3.1 GHz（Intel Core i7）处理器的Mac。
有人可以建议替代cKDTree（或query_ball_tree）需要更少的内存吗？我将很感激有任何有用的回应。