Question

我在R中进行了单向ANOVA，但是当我尝试使用Tukey post-hoc查看哪些治疗方法彼此不同时，我不断收到错误消息。（我希望结果排名（a，ab，b，bcd ......等）

数据详情：

data =“abh2”

x = 6次治疗：“治疗”

y =水分读数“潮湿”（每次处理n = 63，总计= 378）

我进行了单向ANOVA：

anov <- anova(lm(moist~treatment, data=abh2))

。＃结果表明我可以转到事后（p <0.05）：

Analysis of Variance Table

Response: moist
           Df Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
treatment   5 1706.3  341.27  25.911 < 2.2e-16 ***

我选择 Tukey HSD 并尝试使用2种方法运行它，但收到两者的错误消息：

内置R功能：

TukeyHSD(anov)
# ERROR : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('anova', 'data.frame')"

Agricolae包：

    HSD.test(anov, "treatment", group=TRUE, console=TRUE)
    # ERROR : Error in HSD.test(anov, "treatment", group = TRUE, console = TRUE) :
argument "MSerror" is missing, with no default

我发现MSerror是

1）“＃Old version HSD.test（）”（但我刚刚更新了agricolae包）

2）MSerror＆lt; -deviance（model）/ df

所以我试过了：

HSD.test(anov, "treatment", MSerror=deviance(moist)/5, group=TRUE, console=TRUE)
 *but still* # ERROR: $ operator is invalid for atomic vectors

有人能帮助我从这里开始吗？这似乎是一个非常简单的问题，但我已经花了好几个小时！

非常感谢：）

Answer 1

尝试使用以下代码将治疗指定为一个因素：

abh2$treatment <- factor(abh2$treatment)

Answer 2

感谢安妮 - 克劳德的反馈，它让我走上了正确的轨道，R没有认识到应该的数据。

我使用此代码解决了问题：

library(agricolae)

model<-aov(moist~treatment, data=abh2)

out <- HSD.test(model,"treatment", group=TRUE,console=TRUE)

看起来我最初使用的ANOVA命令（来自R base包），之后我试图执行的Tukey测试（使用agricolae包）根本无法理解。

为我带来回复信息：尝试在同一个套餐中进行相关的分析！

P.S。获得p值：

summary(model)

可以将它们转换为如下数据框：

as.data.frame（summary（model）[[1]]）

R：TUKEY遵循单因素方差分析

2 个答案: