特定值的Pheatmap颜色

Question

我是R的新手，最近我一直在玩pheatmap库来生成热图。我的问题是我想以特定的方式为我的热图着色。我将在下面描述：

1. 值＆lt; 1应该是颜色渐变（例如深蓝色到浅蓝色）
2. 完全等于1的值应为深灰色
3. 值＆gt; 1应该是颜色渐变（例如暗红色到浅红色）

我使用breaks参数和color参数使用各种调色板，但我似乎无法找到一个好的解决方案。我最接近的是这样的：

pheatmap(mtx, 
     color =  c('#4444FF','#F4FF4F','#FF4444'), 
     breaks = c(0,1,2,3), 
     legend_breaks = c(0,1,2) )

但是这不允许可视化范围，即0.1应该看起来与0.9不同，即使它们都应该是蓝色。有人可以提供建议或建议吗？我确实看过This ticket并考虑将1改为NA，但对我来说这有点太复杂了。更不用说我必须关闭pheatmap的聚类，这不是我想做的事情。谢谢！

Answer 1

您无法为特定颜色设置颜色，但可以使用非常小的范围，例如[0.999,1.001]

应该为问题中提到的指定范围设置中断并相应地指定颜色;

library(pheatmap)
bk1 <- c(seq(-2,0.9,by=0.1),0.999)
bk1 <- c(1.001,seq(1.1,3,by=0.1))
bk <- c(bk1,bk2)  #combine the break limits for purpose of graphing

my_palette <- c(colorRampPalette(colors = c("darkblue", "lightblue"))(n = length(bk1)-1),
              "gray38", "gray38",
              c(colorRampPalette(colors = c("darkred", "tomato1"))(n = length(bk2)-1)))

pheatmap(df, color = my_palette, breaks = bk, scale = "none", 
             cluster_rows = F, cluster_cols = F, margin = c(5,5))

为了使用 rnorm.within 功能显示示例，我制作了以下数据集：

   #V1 is random between -2 and 3 
   #V2 is equal to 1
   #V3 is random between 0 and 3

   df <- cbind(rnorm.within(1000, -2, 3),rep(1,1000), rnorm.within(1000,0,3))

这将是上面创建的数据的热图;