在NumPy

时间:2017-01-14 08:48:34

标签: python numpy least-squares

我需要在最小二乘意义上解决大量线性系统。我无法理解numpy.linalg.lstsq(a, b)np.dot(np.linalg.pinv(a), b)和数学实现的计算效率差异。

我使用以下矩阵:

h=np.random.random((50000,100))
a=h[:,:-1].copy()
b=-h[:,-1].copy()

并且算法的结果是:

# mathematical implementation
%%timeit
np.dot(np.dot(np.linalg.inv(np.dot(a.T,a)),a.T),b)

10个循环,最好3个循环: 36.3 ms 每个循环

# numpy.linalg.lstsq implementation
%%timeit
np.linalg.lstsq(a, b)[0]

10个循环,最好3个循环: 103 ms 每个循环

%%timeit
np.dot(np.linalg.pinv(a), b)

1个循环,最好为3: 216 ms 每个循环

为什么会有区别?

1 个答案:

答案 0 :(得分:6)

例程lstsq处理任何系统:过度确定,未确定或未确定。它的输出是你从pinv(a)* b获得的,但它比计算伪逆更快。这就是原因:

一般建议:除非您确实需要,否则不计算逆矩阵。为特定右手侧求解系统比反转其矩阵更快。

然而,即使您正在反转矩阵,通过求解 T a = a T b的方法也会更快。是什么赋予了?反之,反转 T a仅在具有完整列等级时才有效。因此,你已经将这个问题限制在这种特殊情况下,并且作为一种不那么普遍的权衡获得速度,并且如下所示,安全性较低。

但反转矩阵仍然效率低下。如果您知道a具有完整的列排名,则以下内容比您的三次尝试中的任何一次都要快:

np.linalg.solve(np.dot(a.T, a), np.dot(a.T, b))

尽管如此,lstsq在处理条件差的矩阵时仍优于上述内容。形成产品a T a基本上对条件数进行平方,因此您更有可能得到无意义的结果。这是一个警示的例子,使用SciPy的linalg模块(它基本上等同于NumPy'但有更多方法):

import numpy as np
import scipy.linalg as sl
a = sl.hilbert(10)    # a poorly conditioned square matrix of size 10
b = np.arange(10)     # right hand side
sol1 = sl.solve(a, b)
sol2 = sl.lstsq(a, b)[0]
sol3 = sl.solve(np.dot(a.T, a), np.dot(a.T, b))

此处lstsq提供与solve(此系统的唯一解决方案)几乎相同的输出。然而,sol3完全错误是因为数字问题(你甚至不会被警告)。

SOL1:

  [ -9.89821788e+02,   9.70047434e+04,  -2.30439738e+06,
     2.30601241e+07,  -1.19805858e+08,   3.55637424e+08,
    -6.25523002e+08,   6.44058066e+08,  -3.58346765e+08,
     8.31333426e+07]

sol2:

  [ -9.89864366e+02,   9.70082635e+04,  -2.30446978e+06,
     2.30607638e+07,  -1.19808838e+08,   3.55645452e+08,
    -6.25535946e+08,   6.44070387e+08,  -3.58353147e+08,
     8.31347297e+07]

sol3:

  [  1.06913852e+03,  -4.61691763e+04,   4.83968833e+05,
    -2.08929571e+06,   4.55280530e+06,  -5.88433943e+06,
     5.92025910e+06,  -5.56507455e+06,   3.62262620e+06,
    -9.94523917e+05]