Question

我试图找出属于两个不同链的两个原子是否会被视为“束缚”。这是基于以下事实：如果距离（欧几里得，可以通过给定的x，y，z坐标找到）比两个原子的范德华加0.5A那么它被认为是束缚的。问题是我不明白如何计算每个原子的范德华力。因为在PDB中，原子名称类似于CB1，CA等，而不是单个原子。我知道N的Waals半径。我可以编写代码来计算原子之间的原子距离，但我没有做范德瓦尔斯部分，这是必不可少的。这是我编写的代码，用于从两个链中提取信息以及PDB的链接：

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3KUD

a = open('3kud.pdb', 'r') # opening the PDB file
b = a.readlines()  # reading the file line by line
c = [x.strip('\n') for x in b]  # extracting '\n' from each line
d = []
# Creating a function that extract information from the given PDB list(only the ATOM parts)
def pdbread():
    global c # calling c in order to define d based on c.
    global d # empty list that contains all the atoms in the list
    for i in range(len(c)):
        if c[i].startswith('ATOM'):
            d.append(c[i])
        else:
            continue
    return d
print 'The atom part of the given PDB file', pdbread()

w = []  # I, then, splitted the given whole atom list part so that each column could be read on the file.
for i in range(len(d)):
    line = d[i].split()
    w.append(line)
    Chain_A = []
    Chain_B = []
    for z in w:
        if z[4] == 'A':
            Chain_A.append(z)
        if z[4] == 'B':
            Chain_B.append(z)

print 'Splitted form of the atom part of the PDB file', w
print 'Chain A :', Chain_A
print 'Chain B:', Chain_B

我可以在这两个链之间创建for循环并比较距离，只要我得到如何计算两个可能相互作用的原子之间的范德华半径。

编辑：我决定继续前进，假设每个原子是第一个字母，使得CB，OG1分别是碳和氧，并将采用他们的范德华值。尽管如此，我仍然在努力编写代码来创建两个链之间的循环并以形式计算距离如果'vanderWaalsOfatomOfChainA + vanderWaalsOfatomOfChainB + 0.5'＆gt; “他们的距离基于欧几里德公式'：等等。

编辑：我设法将范德华半径添加到Chain_A和Chain_B中的每个列表，这里是代码：

for z in w:
    if z[2][0] == 'N':
        z.append(1.55)
    if z[2][0] == 'O':
        z.append(1.52)
    if z[2][0] == 'C':
        z.append(1.7)
    if z[2][0] == 'S':
        z.append(1.8)
    if z[2][0] == 'H':
        z.append(1.2)

但我需要的是找出如何为两个链创建一个for循环。我的意思是我必须比较A和B的所有原子.12。每个列表中的槽给出范德华半径，我需要计算每个A列表的第12个加上每个B列表的第12个加0.5并将其与欧几里德公式！

最终编辑：写了这段代码，但它不起作用！基于这个想法，我必须将Chain_A的每个元素与Chain_B进行比较。

A_binding = []
B_binding = []
for x,y in zip(Chain_A, Chain_B):
    if x[12] + y[12] + 0.5 > sqrt((float(x[6])-float(y[6]))**2 + (float(x[7])-float(y[7]))**2 + (float(x[8])-float(y[8]))**2):
        A_binding.append(x)
        B_binding.append(y)
print A_binding
print B_binding

Answer 1

也许这可以帮到你：

Atoms force field values

您感兴趣的部分是epsilon_vdw_PDB（）[0]。它为您提供所有原子van der waalz值。这个文件来自我最近的一个项目，由我的老师提供。

顺便问一下，为什么不为循环制作2个？一个用于链A，另一个用于链B.我没有尝试你的代码，但是A的长度可能与B不同。当你使用zip（）时，（）里面的2个对象的长度必须相等我想（没有核实）。

Answer 2

通常，使用4埃距离截止来识别相互作用的原子。使用NeighborSearch中的Bio.PDB。它很快，将使您的脚本更短。

氨基酸结合位点发现，蛋白质数据库

2 个答案: