Question

我正在做蛋白质蛋白质相互作用网络聚类项目。为了测试结果，我从DIP数据库下载了数据集。它对每种蛋白质都有DIP-id，我想将聚类（DIP-id作为蛋白质名称）与黄金数据集CYC2008进行比较，CYC2008在复杂的定义中具有通用名称/ ORF名称作为蛋白质名称。任何人都可以帮助我将DIP-id转换为基因名称。例如DIP-839N到Taf1p。

Answer 1

显而易见且最简单的方法是让数据库管理人员为您完成。承包商可以非常便宜地执行此操作，但如果数据库是SQL数据库，则只需使用

SELECT * FROM protein WHERE DIP-id='DIP-839N'

之后你会想要

UPDATE table_name
SET column1=value1,column2=value2,...
WHERE some_column=some_value;

您可以将其与

之类的内容放在一起

update
    Table
set
    Table.example = a.value
from
    TableExample a
where
    Table.field = "key value"

如果您向我发送数据库，我可能会处理完整的查询。

使用某些数据库工具，您也可以将其插入Access，Excel，Google Docs或类似的东西。我不熟悉这个数据库。

相互作用蛋白质数据库

1 个答案: