如何将sed / samtools输出到新目录中

Question

我有以下用于更改染色体名称的sed命令：

shapesize()

我的问题是如何将结果插入到新路径中，同时将变量$ filename作为每个新文件名的一部分？它总是在/ mynewpath /中将结果插入/ myoldpath /或leterally“filename.chr.bam”。 我错过了该部分for file in /myoldpath/*.bam; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; samtools view -H $file | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | samtools reheader - $file > /mynewpath/${filename}_chr.bam; done 的语法中的内容吗？

任何帮助将不胜感激

Answer 1

尝试更改 filename = echo $ file | cut -d＆＃34;。＆＃34; -f 1; 到 filename = $（echo $ file | rev | cut -d＆＃34; /＆＃34; -f 1 | rev | cut -d＆＃34;。＆＃ 34; -f1）;