如何在Debian中安装tophat？

Question

我试过搜索并尝试一切。我在我的系统中安装了bowtie，samtools和libbam-dev。运行./configure时出现此错误：

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the
bam libraries (version  or higher). If you have a staged bam library
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment
and do not give a PATH to --with-bam option.

如何解决此错误并安装tophat？

Answer 1

必须预先包装SAMtools，否则TopHat不能使用它们。所以：

1. 首先从源代码构建BAM。在http://samtools.sourceforge.net/。
获取
2. 选择BAM安装文件夹（我在下面将其称为安装）。
3. 将所有C标头文件复制到安装 / include / bam 。
4. 将 libbam.a 复制到安装 / lib 。
5. 在您的路径上放置 samtools 二进制文件。
6. 对于TopHat，请尝试 ./ configure --with-bam = 安装
7. 如果由于某些奇怪的原因无效，请在运行 ./ configure 之前尝试导出BAM_ROOT = 安装。