我想在主图中绘制线性模型的数据,并使用arrangeGrob
绘制效果图(森林图)作为子图。
以下是数据:
set.seed(1)
main.df <- data.frame(sample=c(paste("E.plus.A.plus",1:3,sep="_"),paste("E.minus.A.plus",1:3,sep="_"),paste("E.plus.A.minus",1:3,sep="_"),paste("E.minus.A.minus",1:3,sep="_")),
replicate=rep(1:3,4),cpm=c(rnorm(12)),
factor.level=factor(c(rep("E.plus.A.plus",3),rep("E.minus.A.plus",3),rep("E.plus.A.minus",3),rep("E.minus.A.minus",3)),
levels=c("E.plus.A.plus","E.minus.A.plus","E.plus.A.minus","E.minus.A.minus")))
effects.df <- data.frame(factor.level=c("E.plus.A.plus-E.minus.A.plus","E.plus.A.plus-E.plus.A.minus","E.plus.A.plus-E.minus.A.minus",
"E.minus.A.plus-E.plus.A.minus","E.minus.A.plus-E.minus.A.minus","E.plus.A.minus-E.minus.A.minus"),
effect=rnorm(6),effect.df=runif(6,0,0.5),p.value=runif(6,0,1),y=1:6+0.2)
effects.df$effect.high <- effects.df$effect+effects.df$effect.df
effects.df$effect.low <- effects.df$effect-effects.df$effect.df
effects.df$factor.level <- factor(effects.df$factor.level,levels=effects.df$factor.level)
ggplots:
require(ggplot2)
require(grid)
require(gridExtra)
main.plot <- ggplot(main.df,aes(x=replicate,y=cpm,color=factor.level))+geom_point(size=3)+
facet_wrap(~factor.level,ncol=length(levels(main.df$factor.level)))+
labs(x="replicate",y="cpm")+scale_x_continuous(breaks=unique(main.df$replicate))+theme_bw()+
theme(legend.key=element_blank(),panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=8),plot.title=element_text(size=9,hjust=0.5))
sub.plot <- ggplot(effects.df,aes(x=effect,y=factor.level,color=factor.level))+geom_point(size=2.5,shape=19)+geom_errorbarh(aes(xmax=effect.high,xmin=effect.low),height=0.1)+
geom_vline(xintercept=0,linetype="longdash",colour="black",size=0.25)+theme_bw()+theme(legend.key=element_blank(),panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=7),axis.text=element_text(size=7),legend.text=element_text(size=7),legend.title=element_text(size=7))+
geom_text(aes(x=effects.df$effect,y=effects.df$y,label=format(signif(effects.df$p.value,2),scientific=T)),size=2.5)
以下是我尝试将它们组合成单个情节的方法:
if(!is.null(dev.list())) dev.off()
blank <- grid.rect(gp = gpar(col = "white"))
sub.plot.grob <- arrangeGrob(blank,sub.plot,ncol=1)
combined.plot <- arrangeGrob(main.plot,sub.plot,ncol=2,widths=c(1,1))
grid.arrange(combined.plot)
如何调整位置和尺寸以使sub.plot
更小(所有图层,例如文字按比例缩小),并且位于main.plot
的图例下方?
答案 0 :(得分:2)
我强烈推荐用于此类任务的包cowplot
。在这里,我正在构建三个嵌套集(左边的主图,然后是右上角的两个图例,然后是右下角的子图)。请注意精彩的get_legend
功能,使传说非常容易。
plot_grid(
main.plot + theme(legend.position = "none")
, plot_grid(
plot_grid(
get_legend(main.plot)
, get_legend(sub.plot)
, nrow = 1
)
, sub.plot + theme(legend.position = "none")
, nrow = 2
)
, nrow = 1
)
给出:
显然我建议更换一个(或两个)调色板,但这应该是你想要的。
如果你真的想要带有sub.plot的图例,而不是其他图例,你可以跳过get_legend
。
如果您想要除偶数尺寸以外的其他尺寸,您还可以使用rel_widths
和rel_heights
来调整集合的宽度/高度。
作为补充说明,cowplot
在加载时设置自己的默认主题。我通常在加载theme_set(theme_minimal())
后立即恢复到我喜欢的状态。
答案 1 :(得分:1)
这是一个grid.arrange解决方案,
grid.arrange(grobs = replicate(4, ggplot(), simplify = FALSE),
layout_matrix = cbind(c(1,1), c(3,2), c(4, 2)),
widths = c(2,1,1))
带着那些点点滴滴,
get_legend <- function(p) {
g <- ggplotGrob(p)
id <- grep("guide", g$layout$name)
g$grobs[[id]]
}
leg1 <- get_legend(main.plot); leg2 <- get_legend(sub.plot)
gl <- list(main.plot + theme(legend.position = "none"),
sub.plot + theme(legend.position = "none"), leg1, leg2)
grid.arrange(grobs = gl,
layout_matrix = cbind(c(1,1), c(3,2), c(4, 2)),
widths = c(2,1,1))