我有一个问题，关于R上的isomap，我使用vegan包的方格距离：isomap(Dist, k=2)我仍然有这个错误：
isomapdist（Dist）出错;数据非常分散。
我不明白这意味着什么？
答案 0 :(得分：1)
Isomap将使用仅使用k个最近邻居的点之间的路径来计算点之间的距离 - 在您的情况下，使用三个最近邻居。如果您的数据由断开连接的组件组成，则可能 只使用第k个最近邻居的点之间的任何路径。根据您要完成的任务，将数据分解为连接的群集并在每个群集上运行isomap可能已经足够了。
我希望这会有所帮助。
答案 1 :(得分：1)
使用参数epsilon代替k，并将其调整为一个好的值才能成功。
library(vegan)
iso <- isomap(d, ndim=1, epsilon=0.3)