Pymol - 检测旋转肽之间的碰撞

Question

我在Pymol中打开了tripeptid（leu-lys-trp），还有一个脚本，可以将肽leu和trp旋转到中心肽 - lys周围。

from pymol import stored
from time import sleep

#select leu AA
cmd.select("LEU-sel","/leu///LEU")
#select trp AA
cmd.select("TRP","/leu///TRP")
#create selection of atom which i need to rotate around
cmd.select("TRPlys", "/leu///LYS`3/C")
xyz = cmd.get_model("TRPlys", 1).get_coord_list()

trp_con = []
cmd.iterate_state(1, "TRPlys","trp_con.append((x,y,z))")

print trp_con
i = 0
for i in range(0,100):
    cmd.rotate(xyz[0], 1, "TRP",0,1, None, trp_con[0])
    cmd.refresh()
    sleep(0.1)

如果这些肽的原子之间发生任何碰撞，我需要停止旋转。

pymol中是否有任何工具可以使碰撞检测更容易？