如何通过R中的素食来绘制预期的丰富度曲线（Chao1）

Question

我有一个来自一个站点的数据集，其中包含物种及其丰度的数据（样本中每个物种的个体数量）。 我使用素食包进行alpha多样性分析。 例如，我通过稀有曲线函数绘制物种稀疏曲线（我不能使用特殊函数，因为我有来自一个站点的数据），并通过estimateR函数计算Chao1指数。

如何使用estimateR函数绘制Chao1预期丰富度曲线？然后，我想将这些曲线组合在一个图上。

library(vegan)
TR <- matrix(nrow=1,c(3,1,1,17,1,1,1,1,1,2,1,1,3,13,31,24,6,1,1,4,1,10,2,3,1,5,6,1,1,1,4,16,17,15,6,9,66,3,1,3,24,15,2,3,17,1,7,2,27,13,2,1,1,3,1,3,30,7,1,1,4,1,2,5,1,1,6,2,1,9,11,5,8,7,2,2,2,1,13,3,8,4,1,5,27,1,62,13,6,7,7,4,9,1,7,7,1,25,1,5,3,1,2,1,1,5,2,73,25,17,43,88,2,3,38,4,5,6,6,16,2,13,10,7,1,2,9,3,1,3,1,8,4,4,5,13,2,25,9,2,1,12,29,4,1,9,1,1,3,4,2,9,4,26,2,7,4,18,1,10,10,4,6,5,20,1,2,11,1,3,1,2,1,1,12,3,2,1,4,24,7,22,19,43,2,9,18,1,1,1,9,7,6,1,8,2,2,19,7,26,4,4,1,3,4,5,2,4,8,2,3,1,5,5,1,11,6,6,2,4,3,1,10,6,9,16,1,1,32,1,1,31,2,12,2,13,1,2,9,13,1,11,8,1,14,5,9,1,3,1,7,1,1,13,17,1,1,3,2,9,1,4,1,7,2,2,9,24,20,2,1,2,2,1,9,5,1,1,23,13,7,1,8,5,47,32,6,13,16,8,2,1,5,4,3,1,2,1,1,1,3,14,6,21,2,7,2,2,16,2,10,21,18,2,1,3,33,12,55,4,1,5,14,3,10,2,4,1,2,5,7,6,2,12,14,28,18,30,28,7,1,1,1,3,4,2,17,60,31,3,3,2,2,3,6,2,6,1,13,2,3,13,7,2,10,19,9,7,1,3))
num_species=specnumber(TR)
chao1=estimateR(TR)[2,]
shannon=diversity(TR,"shannon")
rarecurve(TR)
estimateR(TR)

这是一张基于SigmaPlot的EstimateS输出（我输入相同数据）的图：

细线预计丰富 - Chao1。在R中，我只能绘制SAC。 在EstimateS中，我得到一组包含所有2990个人的数据，但不包含在R中。

Answer 1

我不知道 estimateS 中的事情是如何完成的，但看起来扩展丰富度（Chao 1）曲线是基于社区的随机子样本的平均值。这可以这样做：

subchao <- sapply(1:2990, function(i) 
   mean(sapply(1:100, function(...) estimateR(rrarefy(TR, i))[2,])))

对于从1到2990的所有样本大小，这将随机稀疏（rrarefy()）并找到每个样本100个重复的平均值。这需要时间。