R中的累积曲线

Question

我在几个月内有4个地点的物种数据。我已经使用R中的包vegan成功创建了累积图，但我想在一个图上绘制所有4个网站。

起初我有一个包含所有网站和月份的数据表，但是当我绘制specaccum时，结果是所有数据的累积曲线，无论网站如何。

因此我将每个站点拆分为一个单独的数据表，我将其加载到R中。在每个数据表中，第一行是物种名称，下面的每一行都是一个月。

例如，我加载了我的一个网站“FMR”的数据。然后我做了以下事情：

FMR <-specaccum(FMRJ2F, "random")
plot(FMR)

我为其他网站PP，DUX，PM做了同样的事情。如何将所有4行放在一个图上？

Answer 1

您可以在add=T

中使用plot.specaccum(...)参数

library(vegan)
data(BCI) 
df <- lapply(c(1,21,41,61,81),function(i)specaccum(BCI[,seq(i,i+19)], method="random"))
plot(df[[1]])
for (i in 2:5) plot(df[[i]],add=T, col=i)

此代码段仅在vegan中加载内置BSI数据集，并通过在BCI中的列子集上运行specaccum来创建5个specaccum(...)对象的列表。你不需要这个，因为你已经有了specaccum对象。

然后，我们创建第一个图，并使用add=T添加每个新曲线。

Answer 2

好的，所以@jlhoward的解决方案当然要简单得多，而且更明智。但是，由于我没有想到明显的，并且编码了这一点，我想我也可以分享它。对于手头的函数不接受add的相关问题，它可能很有用。

加载库和一些示例数据：

library(vegan)
data(BCI)
sp1 <- specaccum(BCI, 'random')

# random modification to BCI data to create data for a second curve
BCI2 <- as.matrix(BCI)
BCI2[sample(prod(dim(BCI2)), 10000)] <- 0
sp2 <- specaccum(BCI2, 'random')

<强>绘图

# Combine the specaccum objects into a list 
l <- list(sp1, sp2) 

# Calculate required y-axis limits
ylm <- range(sapply(l, '[[', 'richness') + 
           sapply(l, '[[', 'sd') * c(-2, 2))

# Apply a plotting function over the indices of the list
sapply(seq_along(l), function(i) {
  if (i==1) { # If it's the first list element, use plot()
    with(l[[i]], {
      plot(sites, richness, type='l', ylim=ylm, 
           xlab='Sites', ylab='random', las=1)
      segments(seq_len(max(sites)), y0=richness - 2*sd, 
               y1=richness + 2*sd)
    })    
  } else {
    with(l[[i]], { # for subsequent elements, use lines()
      lines(sites, richness, col=i)
      segments(seq_len(max(sites)), y0=richness - 2*sd, 
               y1=richness + 2*sd, col=i)
    })     
  }
})

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       bty='n', inset=0.025)